動物實驗為本所醫學研究中相當重要的一環，尤其近年來，基因工程領域的醫學研究，更需要高品質的實驗動物。
動物中心位於本所前棟大樓的6、7樓，佔地約500坪。所有動物皆飼養於具備高效過濾空調及恆溫恆濕環境的標準動物飼養房，以提供一個「無特定病源」等級的動物實驗環境。中心目前計有員工10名，服務內容有：實驗動物代養、新進人員使用實驗動物之訓練課程、實驗動物疾病健康監測、並有數位獸醫監督管理實驗動物之飼養及使用。
動物中心於民國九十一年三月完工啟用。中心內的動物飼養房合計22間，並依動物實驗性質區分為：
- 無特定病源動物繁殖區
- 無特定病源動物實驗區
- 感染性動物實驗區
- 一般動物實驗區
- 水生動物實驗區
此外，為遵行動物保護法的實施，所有的動物實驗，皆須事先經過本院【動物實驗管理小組】審查，通過後才得進行動物實驗。以落實保護動物的觀念。