| 姓名 | 職稱 | 任期 | 行政主管 / 副所長 | |
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| 余南庚院士 | 籌備處主任 | 1981/04 ~ 1986/12 |
行政主管：蔡作雍院士 蔡作雍院士代理處務 |
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| 錢 煦院士 | 籌備處主任 | 1987/01 ~ 1988/08 | ||
| 吳成文院士 | 籌備處主任 | 1988/08 ~ 1993/12 |
行政主管：
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| 吳成文院士 | 所長 | 1993/12 ~ 1995/12 |
副所長：李德章博士 (1994/02~1995/12) |
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| 李德章博士 | 代所長 | 1996/01 ~ 1997/01 | ||
| 姓名 | 職稱 | 任期 | 學術/人事 副所長 | 總務/經費 副所長 |
| 伍焜玉院士 | 所長 | 1997/01 ~ 1999/12 |
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蘇燦隆博士 (1997/10~2000/08) |
| 李德章博士 | 代所長 | 2000/01 ~ 2001/01 | 李旭東博士 | 王寧博士 |
| 李旭東博士 | 代所長 | 2001/02 ~ 2001/07 | 王寧博士 | |
| 陳垣崇院士 | 所長 | 2001/07 ~ 2010/07 |
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| 劉扶東院士 | 所長 | 2010/07 ~ 2017/10 |
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| 郭沛恩院士 | 所長 | 2017/10 ~ |
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