生物醫學科學研究所（簡稱生醫所）籌備處於1981年2月成立，由余南庚院士擔任主任委員兼籌備處主任。錢煦院士於1987年接任籌備處主任，帶領二十餘位研究人員正式開始研究工作。1988年吳成文院士接任籌備處主任，並於1993年12月1日生醫所正式成立後擔任第一任所長，之後歷經伍焜玉院士(1997年1月至1999年12月)、陳垣崇院士（2001年7月至2010年6月）、劉扶東院士(2010年7月至2017年9月)、郭沛恩院士(2017年10月至2023年9月)，自2024年7月起由陳儀莊特聘研究員擔任第六任所長。